90년대로 넘어오면서 세아트는 완전히 독립된 브랜드가 된다. 더 이상 세아트 매장에서는 폭스바겐과 아우디를 팔지 않았다. 그리고 폭스바겐의 기술을 이용한 프로토 C, 프로토 T, 프로토 TL 같은 컨셉트카를 연속으로 선보였고 1991년의 바르셀로나 모터쇼에 나온 톨레도는 큰 인기를 얻었다.
1992년에는 마트토렐 공장이 가동을 시작한다. 마트로렐은 지금의 세아트 주력 공장으로 가동 초기에는 하루 1,500대 이상의 자동차가 생산됐다. 1995년에는 폭스바겐 샤란, 포드 갤럭시와 플랫폼을 공유하는 알람브라가 출시됐다. 알람브라는 포르투갈 말멜라에서 생산됐는데, 스페인 이외의 지역에서 생산된 첫 세아트이기도 하다. 그리고 1997년에는 세아트의 첫 서브 컴팩트 모델은 아로사가 나왔다. 당시 세아트는 5년 내 라인업 전체를 갈아엎기 위해 2천억 페타스를 투자하기도 했다.
발터 다 실바가 치프 디자이너로 취임한 이후 세아트의 디자인 언어는 자리를 잡게 된다. 살사와 탱고 컨셉트로 시작된 스타일링은 지금도 세아트의 디자인 테마로 쓰이고 있다. 그리고 레온의 경우 쿠프라와 쿠프라 R, 150마력의 TDI FR 등으로 세분화 되기 시작한다.
2000년대 들어 모터스포츠에도 적극 투자해 2003년 톨레도 쿠프라가 ETCC(ETCC European Touring Car Championship)를 우승했고 레온을 앞세워서는 06/07 WTCC를 연패하기도 했다. 그리고 레온 TDI는 2008년과 2009년 연속으로 WTCC 드라이버 & 컨스트럭터 타이틀을 모두 차지하는 기염을 토했다. 디젤 엔진으로 WTCC 우승을 차지한 것은 세아트가 처음이다.
현재 세아트의 본사는 바르셀로나와 인접한 마르토렐에 자리 잡고 있으며 총 근무 인력은 1만 1천명, 기술 센터에는 1,300명이 배치돼 있다. 주력 공장은 마르토렐로 유럽에서 가장 현대적인 시설을 갖춘 곳이기도 하다. 이곳에서는 하루 2천대의 자동차가 생산되고 있다.
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